دانشکده علوم پزشکی زابل از سال 1370 به عنوان یکی از دانشکده های تابعه دانشگاه علوم پزشکی زاهدان فعالیت خود را آغاز کرد. روند گسترش دانشکده از ابتدای سال 1381 به طور رسمی شروع شد.
به استناد رای صادره یکصد و سی و ششمین جلسه شورای گسترش دانشگاههای علوم پزشکی در تاریخ 8/ 4/ 1379 در بخش آموزش عالی استقلال آموزشی، اداری و مالی دانشکده علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی زابل مورد موافقت قرار گرفت و در سال 1380 اعتبارات آموزشی دانشگاه علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی زاهدان منفک گردید.
بخش بهداشت و درمان نیز در سال 1381 بر اساس مصوبه نود و ششمین جلسه شورای عالی اداری کشور به استناد صورتجلسه شماره 1905/135335 مورخ 24 / 7/ 81 با ردیف بودجه ای از دانشگاه علوم پزشکی زاهدان جدا شد و از آن پس این دانشکده به عنوان دستگاه اجرائی مستقل متولی امر بهداشت ، درمان و آموزش پزشکی درمنطقه سیستان به رسمیت شناخته شد.
در سال 1384 به دنبال سفر هیئت دولت و بر اساس مصوبات هیئت وزیران دراستان دانشکده علوم پزشکی زابل به دانشگاه ارتقاء یافت و در مورخه 10 / 10 / 84 درجلسه یک صد و هفتاد شورای گسترش با تبدیل دانشکده علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی زابل به دانشگاه موافقت گردید.
